霍城县辖13个乡镇、自治区级的清水河经济技术开发区。境内驻有新疆生产建设兵团农四师所属的6个团场、4个师直企业及霍尔果斯口岸管委会、一关二检、36918部队等20多个县团级单位。
霍城县辖5个镇、3个乡、2个民族乡：水定镇、清水河镇、芦草沟镇、惠远镇、萨尔布拉克镇、兰干乡、三道河乡、伊车嘎善锡伯族乡、三宫回族乡、大西沟乡。境内有：格干沟牧场、莫乎尔牧场、果子沟牧场、良繁场、霍尔果斯海关口岸、六十一团场、六十二团场、六十三团场、六十四团场、六十五团场、六十六团场。县人民政府驻水定镇。